Bộ phim A.I.C.O.: Incarnation nội dung là:Hai năm sau ngày diễn ra sự cố, Aiko Tachibana – 15 tuổi – người đã mất gia đình trong sự kiện “Burst” đã khám phá được những điều bí ẩn từ bạn học cùng lớp mới của cô Yuya Kanzaki. Bí ẩn đó nằm sâu trong thể cô và để giải quyết được vấn đề của cô cần phải thâm nhập vào “Lõi Chính” – trung tâm của Burst. Khu vực nghiên cứu của Burst đã bị cách li, do vậy cô nàng đã cùng với Yuya và những người thợ rèn cùng nhau bí mật thâm nhập nơi đây.
