Phim Chiếc Hộp Pandora: Sinh Mệnh Vĩnh Cửu là câu chuyện xoay quanh nhân vật Suzuki Hajime. Cách đây 7 năm, nhà khoa học y sinh Suzuki Hajime đã có những bước tiến đột phá trong công cuộc nghiên cứu về nhân bản vô tính. Tuy nhiên, ông đã vấp phải sự phản đối kịch liệt của cấp trên mình là Sakakibara Michitaka do e ngại phát sinh vấn đề về đạo đức. Sự tranh chấp giữa hai người ngày càng trở nên căng thẳng, và cuối cùng, Hajime bị đá khỏi công trình nghiên cứu. 7 năm sau, Hajime đang làm bác sĩ tại một bệnh viện địa phương. Ông ta đã thuê thám tử để tìm ra chỗ ở của Tashiro Megumi, nhưng sau đó họ đã báo cho ông rằng cô ấy đã chết. Megumi có một đứa con trai 6 tuổi là Shinji và hiện nay đang được người em gái Natsumi nuôi dưỡng. Natsumi đã không liên lạc với Megumi trong hơn 10 năm, và đột nhiên đứa trẻ Shinji xuất hiện làm khuynh đảo cuộc sống của cô. Sau đó Hajime đến và tự xưng mình là cha của Shinji, vì vấn đề tài chính eo hẹp nên Natsumi quyết định gửi Shinji đến cho người đàn ông ấy. Nhưng sau đó cô lại hoang mang về quyết định của mình và đồng hành với Shinji trên con đường tìm cha. Trong khi đó, cái chết của Megumi bị nghi ngờ là một vụ ám sát, và thanh tra phụ trách vụ án này - Kuroiwa Tadatsugu bắt đầu tập trung điều tra vào Hajime. Anh ta đã tìm đến Sakakibara và thu thập được nhiều thông tin về Hajime. Sakakibara vô cùng ngạc nhiên khi nghe tin Hajime có con trai, ông ta nghi ngờ Shinji chính là kết quả của công trình nhân bản thử nghiệm cách đây 7 năm...
