Phim Spec Zero SP kể về một học sinh cấp 3 tên Saya Toma (do Erika Toda đóng) mất ba mẹ và em trai mình bởi một tai nạn máy bay. Thanh traAkio Kondo (do Yu Tokui đóng) tới và nói cố ấy rằng “ rất có thể ba mẹ em bị giết bởi người có SPEC”. Đó cũng là lần đầu tiên Saya Toma nghe đến SPEC. 6 năm sau, Saya Toma, người chưa bao giờ quên những gì mà người Thanh Tra đó nói với cô, và quyết định trở thành một Thanh Tra. Cô ấy quay về Nhật Bản khi được sự huấn luyện của FBI tại Mỹ. Saya Toma nhận được một vụ án chưa được giải quyết của bộ An Ninh Công Cộng. Trong khi đó, bởi kế hoạch của Satoshi Chii ( do Yuu Shirota đóng) Juichi Ninomae (do Ryunosuke Kamiki đóng) nghĩ rằng Saya Toma là người đã giết ba mẹ anh. Và anh có đẩy Saya Toma vào đường cùng. Kế hoạch của Satoshi Chii là sao hai người họ quên đi là họ là chị em với nhau. Và xảy ra cuộc chiến sống còn giữa hai chị em ruột. Một cô gái tên Maho Ueno (do Umika Kawashima đóng) cũng dính vào vụ này. Để bảo vể Maho Ueno, Saya Tomađã dùng "SPEC", vậy liệu chuyện gì sẽ xảy ra?
